【システムの復元について】
システムの復元を実行するとレジストリがその復元ポイントの時点の状態となります。そのため復元ポイント以降にインストールしたプログラムは使えなくなります。 また、システムの復元には “対象になるファイル” と “ならないファイル” があります。システムに不整合ができ、最悪初期化しかなくなる場合もあります。副作用ということです。

システムの復元後My Documents フォルダからファイルが削除される(マイクロソフト)
システムの復元の復元処理中にファイルが削除される(マイクロソフト)
システムの復元の危険性(パソコンFAQ)